突襲世界的大災(zāi)難“第二次沖擊”后，世界在廢墟之上重建。14歲的少年碇真嗣被父親碇元渡叫到第3新東京市。本以為能見到父親迎接的他，卻見到名為“ 使徒”的巨大生物與軍隊(duì)交火。危急之下，特務(wù)機(jī)關(guān)NERV的葛成美里將真嗣救下，并將其帶往碇元渡所統(tǒng)領(lǐng)的NERV總部。但迎接真嗣的，卻是是父親冷酷地命令：駕駛稱為“EVA”的巨大人型機(jī)器人與使徒戰(zhàn)斗。本已表示拒絕的真嗣，看到重傷的替補(bǔ)駕駛員綾波麗后，決定遵從父親的命令。就這樣，從未受過作戰(zhàn)訓(xùn)練的真嗣，準(zhǔn)備駕駛EVA初號(hào)機(jī)迎戰(zhàn)使徒。
