煉金術(shù)，一種建立在等價(jià)交換原則基礎(chǔ)上的科學(xué)，將物質(zhì)進(jìn)行理解、分解、再構(gòu)造，將一種物品變成另外一種。但是，這樣先進(jìn)的技術(shù)卻不能進(jìn)行人體煉成，這是煉金術(shù)絕對的禁忌?？墒牵瑩碛袠O高煉金術(shù)天賦的愛德華（樸璐美 配音）和阿爾馮斯（釘宮理恵 配音）兄弟，因?yàn)閷δ赣H極大的思念不惜觸犯禁忌。而最終的代價(jià)卻是，愛德華失去了一條手臂和一條腿，弟弟阿爾馮斯只能將靈魂依附在一副巨大的裝甲之內(nèi)。終于明白一切的兄弟倆，為了恢復(fù)原狀，尋求更多的煉金術(shù)知識(shí)，成為國家煉金術(shù)師踏上了尋找終極煉金物品——賢者之石的旅程。在不斷的探索中，兩兄弟終于發(fā)現(xiàn)了賢者之石背后的真相，對身處的這個(gè)軍事化國家也有了更深入的了解。此時(shí)，面對國家、民族、家庭……煉金術(shù)的未來究竟在何處。
